поймал себя на мысли, что не знаю зачем нужны System.map и module-info в /boot ? надо ли при компиляции нового ядра сливать в /boot новый System.map и где лежит новый module-info ?
System.map надо переписать новый, причем с тем же расширением, что и ядро, т.е. если ядро называешь vmlinuz-2.2.10, то пишешь соответственно System.map-2.2.10, и module-info-2.2.10, только module-info не меняется и можно сделать просто линк на уже существующий, а System.map сдираешь с /usr/src/linux после компиляции ядра, т.к. он создается после его компиляции.