Если инсталяция была выполнена для русского языка и в строковом
режиме все нормально переключается, в секции Section "Keyboards"
файлов /etc/X11/XF86Config и XF86Config-4 сделай исправления:
1) Закомментируй строку XkbVariant ""
2) Добавь строку XkbOption "grp:toggle"
Переключение в X будет правым Alt