После 2.4 заметил, что при работе с хардом (копирование чего-либо и др.) система уж очень начинает медленно работать. Сильно грузится процессор. Это только у меня так или ветка 2.6 все еще _настолько_ сырая.
если загрузка на 100% то это особый глюк на 2.6
лично у меня помогло отключение опции
ide taskfile support, которая была по дефолту при make oldconfig и всех остальных, генерирующих конфиг