Обновил libatk, после чего отвалились XFCE4, xchat2 и firefox. Поискал по гуглю. Вылечил с помощью portupgrade -rf atk и установилась новая gtk2. Теперь firefox-0.9.3 отказался запускаться, т.к. не нашёл более старой libatk, а старый gaim (до 1.0) вообще потребовал кучу старых библиотек.
Это такая совместимость во FreeBSD или мне такого повезло не наблюдать в Linux?