подскажите как заставить xdotool работать из файла

Покажите полностью файл sh и команду его запуска.

файл:
#!/usr/bin/python
# coding: utf-8
#!/usr/bin/xdotool
xdotool mousemove 1226 716
xdotool click 1

запуск:
follower@lenovo:/media/data/video$ python qqq.sh
File «qqq.sh», line 4
xdotool mousemove 1226 716
^
SyntaxError: invalid syntax

ты что, двойными кавычками команду обрамил?

> python

.sh

ОМГ.

зачем тебе питон тут?

> #!/usr/bin/python

xdotool mousemove 1226 716

hint: этот скрипт выполняется интерпретатором языка программирования Python, а не shell.