с Домен Контроллером.

Каким? (ОС, версия сервера, прочее ....)

>>не корректно синхронизируются

А каким образом настроили синхронизацию? Что куда вписали? Чего ожидаете от вписанных настроек?

на windows Domain Controller ( net time service ) запущен на линукс машинах прописан ip как сервер времени :

....

server 10.0.0.1

...

это все .

ожидается, что время в домене и на линуксах будет одинаковым с точностью до секунды.

versions : RedHat 5.4 Windows 2003 server

Так не получится.
В Win2K+ свой собственный метод синхронизации времени. Не NTP.
Разве что поднять NTP-сервер на RedHat'е. Ибо Win2K3 могут выступать в качестве NTP-клиента, но штатного NTP-сервера у них нет.
И да, на винфак.

бесплатный ntp софт под windows

тогда может быть вы можете посоветовать какой нибудь бесплатный софт , бегущий под Windows , который сможет сказать системное время в классическом NTP формате , что бы Linux мог синхронизироваться по нему?

поднять Time server на другой машине , такой вариант к сожалению отсутствует . Domain наш рулевой .