Использование патчей

patch -px < your_patch.patch

где x - глубина поддиректорий. Обычно, если патч валяется в одной директории с каталогом программы, то x=0, если в самой директории программы, то x=1

если gz или bz2:

gzip -cd your.patch.gz | patch -px bzip2 -dc your.patch.bz2 | patch -px

А если вопрос на тему "нафига" - исходники патчишь и прогу собираешь.