Что обозначает эта команда ~/.filename ?

То же самое, что $HOME/.filename

Если указывается ~username/blabla, то что-то типа /home/username/blabla, т.е. домашняя директория пользователя username.

Так, с тильдой разобрались. А точка что значит?

. — часть имени файла

Файлы с точкой являются «скрытыми».

> Гугл тупо молчит.

Брехня. Первые несколько ссылок дают ответ: http://www.google.com.ua/search?ie=UTF-8&q=tilda+path+linux

> А точка что значит?

http://www.google.com.ua/search?ie=UTF-8&q=dot+file+linux

http://www.opennet.ru/opennews/art.shtml?num=27258

вот от создателя Gentoo доки об этом

http://habrahabr.ru/blogs/linux/99041/

а вот перевод первой части. остальные ищите сами