Цвет выделения курсором на рабочем столе.

Сменить тему GTK.

Где-то в настройках текущей темы есть цвета.

Цвет задаётся в gtkrc gtk-темы. Правда движки ( не знаю все ли, но murrine точно) выбирают его градиентным сочетанием двух цветов, которые записаны в значении фона и текста.