В чем разница apache_1.3.29rusPL30.19 и Apache 2.0

Читай changelog

Вопрос не в том что изменилось или добавилось.
Вопрос в том почему они развиваются параллельно , если вторая апача лучше первой или есть принципиальные различия и поэтому каждый пакет стал развиваться сам по себе?

Это как ядро - большая часть пользуется 2.4.х, а меньшая 2.6.0 т.к. первое более стабильное, а за вторым - будущее и производительность.