Если файлов в директории не особо много, то в bash Linux-а срабатывает:
$ shopt -s dotglob
$ rm -rf -- *
Если файлов предостаточно, то обычно удобнее:
cd .. # Возможен эффект символьного линка, но вам-то они зачем?
rm -rf your_directory_name
mkdir your_directory_name
cd -