Как управлять частотойй процессора с загрузочного minimal-диска Gentoo?

Minimal install cd на то и минимал... Никак. 

Для регулирования частоты нужно чтобы ядро было собрано с необходимыми параметрами(Power management and ACPI options/CPU Frequency scaling) и чтобы был установлен sys-power/cpufrequtils. В минимал системе этого нет.

Что реально так это поиграться с параметром PORTAGE_NICENESS= в /etc/make.conf 

cpufrequtils не собирается, выдаёт emake failed, что нужно сделать чтобы собрать?

Можно без frequtils писать значения в sysfs.

Разумеется, необходимые governor'ы должны быть подгружены.

# modprobe cpufreq_userspace

# echo userspace > /sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_governor

# echo ``нужная_частота'' > /sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_setspeed

Дуй на проц, пока собирается гцц. Легкие будут как у пловца.

в каталоге cpu0 есть только папки cache и topology, папки cpufreq нету

А в ядре точно есть поддержка этой возможности?

Понизь частоту в биосе, обнови смазку, выдуй пыль. Ни разу не видел, чтобы на штатке что-либо перегревалось при компиляции.

1) Достань где-нибудь огромный вентилятор.
2) Сними кулер вообще и поставь на процессор _тонкостенный_ стакан с водой.