Пересел с гнома на fvwm. Настраивая, наткнулся на следующую проблему: gtk приложения, запущенные из эмуляторов терминала (gnome-terminal, uxterm) открываются без тулбаров. Из этих же терминалов но под рутом открывается как надо. Из всех менюшек fvwm и через fbpanel открывается нормально.
Заменил свои конфиги fvwm на чужие - проблема не исчезла. Менял gtkrc-2.0 - тоже самое.
Кстати, оказывается под гномом та же ситуация. Например напираю в терминале gimp и гимп грузится, но в главном окне нет тулбара. Пишу sudo gimp и все работает как надо.