Для чего нужен сабж? В большинстве современных дистров его уже нет. Но в слаке и во фре (вроде бы) есть. Зачем он? Что там должно храниться? Поверхностное гугление не помогло.
некоторые программы там храняться вспомогательные проги и либы, например git (1.6) там хранит проги git-*, а в стандартном $PATH стоит только "оболочка" git и еще несколько модулей. IMNSHO очень нужный каталог, не надо позря PATH мусорить.
$ ls /usr/bin|grep '^git'
git
git-receive-pack
git-upload-archive
git-upload-pack
gitk
$ git --exec-path
/usr/libexec/git-core
$ ls `git --exec-path`/git-* |wc -l
137