можно ли выставить udma100 в линухе

idebus=50 в параметрах ядра (не то же самое, что ata=100)

А разве X69 (udma5) это не ata100 ?

Нет, надо еще выставить частоту системной шины 50МГц (100 это эффективная частота с учетом DDR).

а если частота сист шины вообще то 133