Чаще всего вирус на флешке представляет собой файл autorun.inf и папку типа Recycled с exe-шником внутри. Удаление этих файлов (а не перемещение их в корзину) вылечит флешку.
После того как вылечил, дай виндузятнику диск с LiveCD DrWeb на базе линукса (вполне официально бесплатный). Пусть грузится с него и систему проверяет.