From lilo howto: Если вы установили Lilo в корневой раздел (например, в /dev/hda2), ничего особенного не надо делать для деинсталляции Lilo. Просто уберите с диска все Linux-разделы при помощи fdisk. Вы также должны пометить DOS-раздел загружаемым (bootable).