FireWall для отдельных пользователей?

См. iptables - позволяет

только прокси с авторизацией. файрволл в общем случае работает на уровне ip и о такой вещи как пользователь не имеет ни малейшего понятия.

можно ограничивать определенному uid-у вызовы ядерных функция, но как это делать?

/Джин

iptables может фильтровать по uid