Cygwin имеет пакетный менеждер?

setup.exe

кроме setup ничего нет, вроде

Slackware?

А дак там инсталлятор похожие функции выполняет, если Cygwin уже установлен то инсталлер когда выводит список софта тот который установлен выделяет как "Keep" его можно установить как Uninstall или Skip, и еще если выбрать софт то зависимости сами выбираются для этого софта, в общем такая система, а че еще надо то компилируй.