Мне надо при кажном запуске Linux'а вополнять команду: setserial /dev/ttyS2 irq 5 , куда ее прописать чтоб она сама запускалась?

/etc/rc.d/rc.local

файл в директории etc/rc.d/.rclocal могу ошибится..... но посмотри содержимое там еще gpm -R -m................ запускается...

В файл /etc/rc.d/rc.serial
По умолчанию его нет - нужно создать.
Если он есть - он автоматически будет вызываться стартовыми скриптами.
Помещение этой команды в rc.local будет проблематично, если
на этом порту висит какой-либо сетевой интерфейс, поднимаемый при старте. Интерфейсы поднимаются раньше,
чем выполняется rc.local.