Более подробно - там пакеты, которых нет в репозитории (например проприетарные), генерирую для них Packages.gz, который и пропадает.
Из-за чего такое может быть? ФС - ext3
P.S Как-то раз на учительском компе в школе (OpenSUSE 10.2) "пропали" часть документов (а часть осталась, некоторые папки), мой хлам и образ винта VirtualBox.
P.S.S Может это быть из-за Beagle?
