Как посмотреть, куда пишет программа?

3 - это файловый дескриптор, посмотреть куда он ссылается можно через /proc/pid/fd/номер или lsof.

kcontrol - программа не идиотка, чтобы держать файл открытым...

strace -e open /path/to/program

>и во всем выводе strace не могу найти указания на собственно файл

смотри внимательно, open(), dup(), dup2(), socket(). Хотя программа может получать файловый дескриптор при fork()...

пускать kde под рутом - это сильно ))