А откуда логинишься-то ( telnet,ssh,xdm,gdm,консоль )?
Telnet, как правило, root'-а не пускает, ssh - зависит от настроек
(PermitRootLogin=NO или YES). Аналогично может обстоять дело с xdm и gdm.
По поводу консолей: места, откуда может заходить root, написаны в /etc/securetty . И если пытаться с какой-то другой консоли войти, получишь...Login incorrect :)
Причину отказа в доступе - конечно не пишет ( может еще root'-овый пароль написать :))). Поэтому надо смотреть в /etc/securetty откуда можну root'-у заходить ( локально, с консолей ), в /etc/ssh/sshd.conf - можно ли ходить root'-у по ssh (обычно по умолчанию там стоит PermitRootLogin = NO).
Может ли root входить через xdm пишется в /etc/X11/xdm/Xresorces, там есть (обычно) строчка
xlogin.Login.allowRootLogin: false
Telnet, ftp тоже root'-а не пускают.
Вывод: либо делать su, либо прописать в /etc/securetty консоли ( если есть аллергия на su :))