удалите

nixpkgs.config.allowUnfree относится не к репозиторию nixpkgs, а в целом к конфигурации пакетного менеджера nix. Для сторонних пакетов с флагом unfree этого параметра должно хватать.

У меня прописано allowUnfree = true в configuration.nix, и в ~/.config/nixpkgs/config.nix. не помогает

То есть я насколько понимаю флэйку вообще все равно что у меня в двух местах в системе прописано allowUnfree=true? Он что типо контейнера?

Нормальный-то синтаксис такой нормальный.