Запуск X от другого пользователя

su не пробовал?

su где? Внути сессии, да используется sudo для запуска ПО. Но хотелось бы более «бесшовного» взаимодействия. Например внутри ПО home/Desktop - это рабочий стол пользователя sudo, а отображаемый(основной) рабочий стол - доменного пользователя. Хотелось бы чтоб аутентификация осталась доменная, а рабочий стол целиком был от локального пользователя.

su где?

Где-нибудь.

Например, так: логинишься в консоль доменным юзером, делаешь su на локального, запускаешь графическую сессию через startx.

Альтернативно, можно попробовать логиниться в графическую сессию, в ней запустить эмулятор терминала, в нём su на локального пользователя, далее Xephyr или Xnest.

Или так: Изначально логинишься локальным пользователем в графическую сессию, запускаешь эмулятор терминала, в нём su на доменного пользователя, из этого терминала запускаешь приложения от имени доменного пользователя.

Непонятно чего ты этим хочешь добиться. Чем тебя доменный юзер не устраивает?

Особенности работы научного ПО, работает только с локальными пользователями. Как приделать workaround`ы я знаю, и через xhost и xrdp. Мне интересно, где-то в стартовых скриптах X возможно ли прописать sudo на локально пользователя?

Особенности работы научного ПО…

Имхо, это какое-то говноПО. Это одна программа или несколько?

Какое ему дело до пользователя? Как и зачем оно вообще различает локального и доменного юзера? Это глупо. Скорее всего, ему не хватает каких-либо прав или привилегий. Что будет, если запустить его от имени доменного пользователя? Я бы копал в эту сторону — выяснял что именно ему не хватает или не нравится, а уж потом, понимая проблему, думал о её решении.

И, кстати, непонятно чем тебя не устраивает костыль с запуском этого приложения от имени локального пользователя. Всё это можно завернуть в один скрипт, так что пользоваться им будет удобно. Зачем запускать от имени локального пользователя иксы?