Потому что никакой килл -9 на процессы в D state никогда не дойдёт, процессы в этом состоянии игнорируют сигналы, не слушают и не слышат. Тут единственное только вернуть отвалившейся фс читаемость, то есть перемонтировать её как было.
Неправильно читал или неправильный ман. «D uninterruptible sleep (usually IO)». Переводить надо? Оно не убивается через kill. Таким образом процесс не убит. Таким образом с чего оконному менеджеру его скрывать?