Debian/Ubuntu собрать Emacs только с gtk (deb)

Сборка пакетов в Debian обычно не предусматривает опциональную сборку части пакетов, кроме архитектурно зависимых и независимых (есть ещё так называемые build profiles, но это совсем уже редкость). Так что, вероятно, никак.

А тебе как-то мешает, что он со всеми собирает?

Да, нужно ставить зависимости, ждать пока соберет все.

emacs-nox это же консольный емакс, т.е. там нет иксового фронтэнда