git fetch
git merge origin/master
git mergetool
git add .
git commit
git push

Как-то так, если я тебя правильно понял (в чём вообще проблема?)

You are doing it wrong

если перейти в мастер и построчно сравнить файлы и перенести мои изменения в файл, получится потом смерджить мой бранч в мастер?

Нет, не выйдет. Слить без конфликтов можно

• если файлы будут полностью одинаковыми
• либо если git будет знать какие изменения были позже/раньше (3-х этапное слияние)

Но вобще странно, что бы весь файл показывал как конфликт.

или придется все файлы построчно править?

Надо разрешить конфликты руками

• слей в свою ветку мастер
• разреши конфилкты какой-нибдудь гуёвиной
• тогда можно будет слить в мастер без конфликтов

Но вобще странно, что бы весь файл показывал как конфликт.

Может там ещё CRLF / LF проблемы?

Упорядочи мысли и текст, добавь запятых и точек.

да изза этого

Настрой Git нормально, чтобы LF был в репе, а на виндовой тачке CR LF.

а на виндовой тачке CR LF

А на вендовой-то зачем?

Чтобы компиляторы/редакторы виндовые не спотыкались.

Вендовые компиляторы и редакторы прекрасно работают с LF последние 10 - 20 лет. Даже блокнот в десяточке научили.

ТС не описал ситуацию. Может у него там семёрочка максимальная и редактор не умеющий LF.

В любом случае предпочтительная настройка при установке Git в любую Windows вот эта:

https://www.edwardthomson.com/blog/images/autocrlf.png

Она по дефолту и к ней даже написана рекомендация.

В любом случае предпочтительная настройка при установке Git в любую Windows вот эта:

4.2

Предпочтительно ВСЕГДА работать «as is». Иначе можно обосраться, как те чуваки вроде бы с томкатом, когда у них в релизном архиве были потеряны CR, и весь багтрекер^W мейллист был завален воплями нубасов, что батфайлы не работают.

и весь багтрекер^W мейллист был завален воплями нубасов, что батфайлы не работают.

$ cat .gitattributes 
#
# https://help.github.com/articles/dealing-with-line-endings/
#
# These are explicitly windows files and should use crlf
*.bat           text eol=crlf

4.2

Предпочтительно ВСЕГДА работать «as is».

Хмм, кому бы поверить, официальному установщику, в котором написано «this is recommended setting on Windows» или какому-то «Ламерку» с форума linux.org.ru?.. Сложный выбор.

Хмм, кому бы поверить,

Попробуй извилины напрячь. И найти хоть одну причину смены cr/lf для файлов репозитории.