Запретить приложению менять тему курсора

Оно может менять, если в настройках отображения GTK-приложений указан другой значок.

это не GTK

Не надо, есть программы. https://wiki.archlinux.org/index.php/Cursor_themes

А что тогда? Ты бы хоть приложение указал. Обычно это именно софта, использующего GTK касается, например Firefox, когда тема курсоров для GTK-приложений не совпадает с общей. Ну или ты запускаешь что-то под рутом, для которого тоже выбрана другая тема.

Это вообще игра под вайном, но точно та же ситуация может быть и в окне хрома на некоторых сайтах, к примеру онлайн-виртуалках.

Хром тоже использует GTK. Что касается Wine, посмотри этот топик: Неправильный мышиный курсор в Wine

Ну и по поводу курсоров в иксах есть в арчвики: https://wiki.archlinux.org/index.php/Cursor_themes_(Русский)