вопрос по гит

никак, пиши номера задач в каждом комите

в продуктах atlassian (если привязать bitbucket,jira и bamboo между собой), при создании бранча из джиры он автоматом возмет номер таска и прикрутит к нему имя таска.
а в коммитах, если укажешь номер задачи, то и в bamboo они попадут.
очень удобно короче.

Мерж в главную ветку стоит всегда делать только через rebase и только методом squash, чтобы от мастера отрастал один новый коммит со всеми нужными изменениями.

как мне теперь в истории быстро увидеть что эти комиты относились к определенной задаче?

Я думаю, теперь это будет не просто, а вот раньше это можно было бы решить например с помощью Git prepare-commit-msg Hook:

https://andy-carter.com/blog/automating-git-commit-messages-with-git-hooks