обычно перезапуск помогает компиляции помогает,
в последнее время такой "фичи" не видел, попробуйте обновить autotools,
и остается возможность что это не софтовые глюки...
Извините некомпетентного идиота за некомпетентность! :( Всё дело было в дате! У меня был выставлен не правильный месяц. И из-за этого различные глюки при компиляции.