Модули к ядру, устанавливаемые как .ebuild-ы

Для zfs есть пакет zfs-kmod, вот почитай: https://wiki.gentoo.org/wiki/ZFS#Modules

Для aufs был пакет sys-fs/aufs3, но сейчас его нет.

Если тебе нужна aufs в составе ядра, то либо ставь aufs-sources, исходники ядра с наложенными патчами aufs.

Либо скачай и наложи патчи на исходники твоего ядра.

Почему же, почему не сделают ебилдов для модулей ядра?

Потому что в этом нет смысла. Модули можно ставить и собирать вручную. Модули ядра не нуждаются в контроле со стороны Portage.

Почему же, почему не сделают ебилдов для модулей ядра?

Бери linux-mod.eclass и делай сам. В дереве есть модули ядра и поддержка portage.

emerge @module-rebuild

aufs в дереве не было, потому что, видимо, не хватало мейнтейнера. Сейчас он не
нужен, т.к. есть overlayfs. Про zfs ничего не знаю. Какие еще тебе модули нужны?

Но после обновления пакета ядра и переключения в eselect нужно будет определиться какие сторонние модули вне ядра нужно пересобрать. Для этого например emerge @module-rebuild или emerge @x11-module-rebuild есть

Обновил ядро и привет. Всё что угодно можно собирать вручную.

вот да, я тоже так подумал, но не написал, так как тот юзер - известный в узких кругах

Это модули стороннего ПО, они не копируются в /lib/modules и т.д.

Обновил ядро и привет.

Для сторонних модулей уже есть ебилды, созданы лишь для удобства. Однако компилять модуль ядра можно и вручную. Например, если собрал ядро, но пропустил модуль в menuconfig, и чтобы не пересобирать ядро заново, просто собираем сам модуль и он копируется куда надо в /lib/modules.