MD5 vs SHA256

Хм... bzip2 при распаковке даже не ругнулся.

Мистика... Проблема исчезла после того, как я переставил плату usb-контроллера в другой pci-слот. Видимо, где-то проблема в железе, потому как я еще получал ошибки, связанные с irq. Что это было, так и не понял.

Протестируй оперативную память.

Хм. Дело не в ней. Проблемы начинаются, когда вставить какую-нибудь плату расширения в последний pci-слот. Мама EP-3PTA. Ядро пару раз выдало oops, ругалось на модуль NVIDIA, иксы отказывались грузиться и была вышеуказанная проблема с sha256. Если переместить в другой слот, то все в порядке.

Дело может быть не в ней, а в управлении доступом к ней, ошибки в котором возникают при описаных тобою условиях. Просто когда какая-то программа, которая ничего особенного, кроме вычислений в памяти над большими объёмами данных неправильно работает, то это однозначно говорит о проблемах обычно с памятью или реже с процессором (разогнаным). В твоём случае проблемы явно с памятью, вернее с доступом к памяти.

Возможно, проблемы с неправильным определение границ адресного пространства шины PCI, которые приводят к перекрытию виртуальных адресов, зарезервированных для PCI и физической оперативной памяти...