Есть ли флаги компиляции сорцев для ubuntu по аналогии use-флагов для gentoo?

увы нету

Вроде как можно скачать сорцы с помощью команды «apt-get source», и указать параметры в «debian/rules». Сборка пакета осуществляется командой «debuild». Подробнее здесь:https://raphaelhertzog.com/2010/12/15/howto-to-rebuild-debian-packages/

Согласитесь, USE-флаги - сила. Это возможно в source-based пакетных системах с активной программной логикой, причем фактически в самих пакетах. Единственное, что можно слелать, это собрать пакет например локально: configure, make install и там можно подкрутить опции как флаги, но это разрушает систему.

Поэтому, наиболее безопасный путь - сборка пакета ebuild-ом из исходников.

флаги компиляции сорцев для ubuntu

вот и научилось печатать поколение...

desktop-install use -ubuntu +gentoo

Как правильно написать?

Что написать? Скомпилировать программу и сделать для нее deb пакет ты можешь хоть с какими флагами компилятора. Если про зависимости, то это не компиляция, а сам конфиг .deb пакета, в котором ты явно прописываешь зависимости и их версии. Причем тут генту не очень понятно. Там другая система пакетов, зависимостей иваще.