Перемещение загрузок transmission-daemon в папку owncloud.

Права доступа можно изменить/добавить командами chmod/setfacl.

Лучше подключи каталог с торрентами как внешнюю ФС.

Покажи ls -la /var/www/html/owncloud/data/admin/files/torrents/

drwxrwxr-x 2 www-data www-data 4096
drwxr-xr-x 5 www-data www-data 4096

Ну судя по этому у тебя не хватает прав для всех остольных для записи Попоробуй сделать ' chmod 777 /var/www/html/owncloud/data/admin/files/torrents/ Или же просто добавь группу от которой у тебя работает torrent (rtorrent, transmission, etc...) в группу www-data. Ну и соответственно перегрузись

Cпасибо