Чем в линуксе обычно шифруют файлы?

mcrypt

gpg -e

loop crypt, encfs

практически полностью согласен c ananas:
gpg -z0 -c
ps
IMHO, правильней всего именно gpg(aka GNUpg) - так как не будет проблем с расшифровкой на других ос.Можно конечно еще OpenSSL, но для его сборки нужен perl -> не для всех ос есть бинарники...

а как это расшифровать в винде(или ,скажем, в qnx), userspace утилитой ?

mcrypt ,может быть, тоже не плохой выбор, но распространённость его в google на ~1 порядок меньше:
Results 1 - 10 of about 1,600,000 for mcrypt. (0.25 seconds)
http://www.google.com/search?q=mcrypt&start=0&start=0&ie=utf-8&am...:en-US:unofficial
чем gnupg:
esults 1 - 10 of about 14,500,000 for gnupg. (0.24 seconds)
http://www.google.com/search?q=gnupg&start=0&start=0&ie=utf-8&...:en-US:unofficial
или OpenSSL:
Results 1 - 10 of about 22,800,000 for openssl. (0.05 seconds)
http://www.google.com/search?q=openssl&start=0&start=0&ie=utf-8&a...:en-US:unofficial

http://www.infoanarchy.org/wiki/index.php/Encrypting_your_files

для винды есть аналог crypto-loop'а, но не знаю, насколько он совместим linux-овым