Делюсь опытом. Надеюсь, кому-то поможет. Если есть вопросы, пишите на fedor@ista.ru
В общем имеется два варианта реализации: системные библиотеки (с www.socks.nec.com), а также Socks напрямую поддерживают некоторые программы. Netscape под Windows работает с Socks отлично, под Линукс - у меня не получилось. Mozilla версий до 9.4.0 включительно через Socks не работает, что у них и написано в mail lists на сайте. Через системный Socks от NEC прекрасно работает KMail, как настроить socks - написано в доках и форуме на сайте NEC. Для запуска socksified других приложений служит runsocks из того же пакета (под Windows - RunSocksCap).