Ты бы этот вопрос на сайте разработчиков задал, я тож с этим бился - в итоге смирился с прозрачной консолью - сам миднайт это похоже не переваривает....
Всё на много проще,- изменения в ini принимаются _только_ при условии , что нет активной сессии самого mc. Т.е. , запускаем vi/ee/jed/kate/vim и т.п. и там правим ini :)