nptlonly работает только при включенном nptl и запрещает сборку linuxthreads-версии glibc. Возможность оставить обе версии оставлена для некой абстрактной "совместимости". Я сначала собрал glibc только с USE="nptl", но, убедившись в полной бесполезности linuxthreads-версии, пересобрал с USE="nptl nptlonly" (что прошло совершенно безболезненно).