nptl or nptlonly

Смотря для чего тебе это надо.

nptl - Enable support for Native POSIX Threads Library, the new threading module (requires linux-2.6 or better usually)

nptlonly - Disables installing the linuxthreads fallback in glibc ebuilds that support building both linuxthreads and nptl.

nptlonly работает только при включенном nptl и запрещает сборку linuxthreads-версии glibc. Возможность оставить обе версии оставлена для некой абстрактной "совместимости". Я сначала собрал glibc только с USE="nptl", но, убедившись в полной бесполезности linuxthreads-версии, пересобрал с USE="nptl nptlonly" (что прошло совершенно безболезненно).

>оставлена для некой абстрактной "совместимости"

Это если вдруг приспичит поюзать 2.4 ядро.