Конец строки -> ", "

Не проверял!
vi
:1,$s/\n/\,\ /g

~$ echo '111 222 333 444'|awk '{printf $0 ", "}' 111 222, 333 444,

примерно так:
sasha@as255 sasha $ cat aaa
aaa
bbbbb
ccc
dd
e

sasha@as255 sasha $ cat ./aaa | perl -pe 'chomp;s/(.+)$/$1,/'
aaa,bbbbb,ccc,dd,e,sasha@as255 sasha $
sasha@as255 sasha $

cat foo | tr '\n' ','

у тебя проще ;) надо бы man tr почитать :)))) но все же в хвосте у тебя тоже лишняя запятая получается...

Если есть перевод строки в конце файла --- будет запятая в конце. Если нет --- не будет.

> надо преобразовать в одну строку и там где был перенос строки,
> поставить запятую и пробел

(perl -pe 's/\n/, /;' ; echo '') < input_file | sed 's/, $//'