Объединение двух физических узлов в один логический.

GNS3, насколько я помню, имеет внутерннюю логику по объединению узлов. Если вкратце, то на каждом физическом узле вам нужно запустить процесс gns3server, а потом в гуевом клиенте их все подобавлять в текущий проект.

https://napp.it/i/80a95e.png - вот тут добавлять сервачки

А вот так запускать gns3server, ip подставить тот, на котором должен висеть.

gns3server --host=127.0.0.1 --port=8000

а если надо добавить ВМ, и тд, как это будет работать?

При добавлении ВМ появится окошко с вопросом, на каком из серверов его запускать - https://napp.it/i/a3c825.png. Хотя, насчет qemu могу ошибаться.

В настройках qemu или virtualbox снимите галочку Use Local Server, после этого появится возможность при добавлении виртуалок выбрать опции local или remote - https://napp.it/i/e7fe65.png.