Gentoo полгода без обновлений

2. system от world хорошо так отличается кол-вом пакетов.

Ты не учел два фактора:
1. Флаги stage3 отличаются от фалог твое системы: ты как минимум менял профиль.
2. После долгого не-обновления, почти все пакеты захотят обновиться.

Теперь смотри механизм. В @system где-то да и затеряется пакет с флагом X (в stage3 его не было) - что потянет обновление иксов. Потом какая-то sambа, в которой будет GUI'шнаня утилитка, которая потянет обновление qt. И так далее. Сейчас конкретные пакеты придумываю, но смысл, думаю, ты понял. Так обновляется ~2/3 системы вместо ~20%, которых ты ожидал. В общем, что я рассказываю - посмотришь сам.

Удачи.

для этого я батник в крон и запихнул, чтоб по приезде было меньше внезапного.

На FreeBSD в этом случае легче снести /usr/local, /usr/ports, /var/db/pkg, /var/db/portsnap, а потом обновить систему, portsnap'ом скачать и развернуть дерево портов, установить программы из заранее подготовленного списка (portmaster --list-origins > ~/installed-port-list; <тут всё сносим, переустанавливаем базу и portmaster> ; portmaster `cat ~/installed-port-list`).

Обновлял несколько раз с перерывами в год и даже в два. Потому что работает - не трогай. Ну приходится повозиться с разруливанием зависимостей, но особо проблем нет.

пол года - нормально, правда ARM мне сутки обновления компилил после этого, поставил потом в cron ежедневную обновлялку