Пресборка приложений в Debian

Штатными средствами нельзя. Необходимо хакать сам пакет.

man apt-build

А причем тут apt-build? Он занимается сборкой приложений из дебиановских исходников. Опции сборки самому придется менять.

Вот и я о чём. К примеру, у меня Jabber встал так, что все данные кидает в xml, а мне надо, чтобы всё в MySQL валялось. Во ФриБСД я просто пересобирал пакет с поддержкой MySQL и работал нормально. Как в Дебиане сделать аналогичное?

Можно вот это для начала почитать:
http://familiasanchez.net/~roberto/howtos/debcustomize

Естественно. Вот тебе кикстарт:
1) прописываешь в /etc/apt/sources.list секции deb-src
2) apt-get update
3) apt-get build-dep coolpackage
4) apt-get source coolpackage
5) cd coolpackage-version && vim debian/rules (исправляешь под себя)
6) dpkg-buildpackage -rfakeroot

Но лучше всего -- ознакомиться с нормальным руководством по (пере)сборке пакетов. Google is your friend!