Два простых вопроса

1) chown -R [user] [folder]
2) Можно прописать в cron:
crontab -u eggdrop -e
туда написать:
@reboot eggdrop command
Или ты хочешь чтобы linux атоматом заходил как eggdrop?
Не совсем понял фразу "грузиться eggdrop а под рутом он грузиться отказывается"

1) -R (man chown);

2) su eggdrop -c eggdrop (первый eggdrop - имя пользователя, второй - программа eggdrop, может быть понадобится полный путь до eggdrop либо заменить su на su -, man su).

ясно, спасибо, а остольные программы после этой строки будут грузиться нормально под рутом или уже под eggdrop?

>ясно, спасибо, а остольные программы после этой строки будут грузиться нормально под рутом или уже под eggdrop?

su относится только к текущей команде.

BTW, если eggdrop работает долго, а не сразу заканчивается, имеет смысл в конце этой строки поставить "&".

Ежели оно не умеет демоном висеть да...