i3wm и воркспейсы

чтобы они не пропадали при переключении, даже если там нет открытых программ

Никак: http://comments.gmane.org/gmane.comp.window-managers.i3.general/1116

If there are no windows on a workspace, it is not displayed on i3bar... this is by design.

Если правильно пользоваться воркспейсами, то «закрепленные» воркспейсы без окон не понадобятся. Да и названия воркспейсов не очень нужны, достаточно просто запомнить, какие приложения обычно располагаются на том или ином номере воркспейса. Например, если IDE или чатик понадобится открыть рядом с браузером на воркспейсе «www», то это уже будет не по фен-шуй, а если сделать это просто на воркспейсе «3», который обычно используется для браузера, все будет нормально как в прикладном, так и в эстетическом плане.