libcairo.so.1 - это кусок от cairo версии до 0.6.X, по данным моих экспериментов :-) А вообще - ставь федору, а я тебе SRPM'ки от freetype-2.10, gtk-2.8 и cairo-0.9.2 выложу :-)
P.S.: а симлинк на самом деле действительно поможет...
где-то у меня валялся скриншот как подобная политика приводит к зацикливанию зависимостей при апргейде (дистриб SuSe), неговоря уже о том, что есть необязательные зависимости и удаление одного не обязательно должно вызывать удаление другого, несмотря на то, что второй линковался с первым при сборке (можно же пересобрать его с поменяв флаг в конце концов). И кроме прочего удаление ПО не является целью или фичей Gentoo, а все-таки гибкость, которая и пострадает от такого решения, вычислить же пакеты которые слинкованы например с QT и добавить их в список на удаление проще простого: equery --help