да не, с регистром там всё нормально - запускать надо хитро. Например так:
doomsday -userdir ~/.doomsday/jdoom -maxzone 64m -bpp 32 -g jdoom -d }Defs/jDoom/jDoom.ded }Defs/jDoom/jDRP.ded -f ~/wad/doom2.wad }Data/jDoom/jDRP.pk3
Для того, чтобы использовать hi-res текстуры, надо сначала запаковать их без сжатия в zip-архив с именем типа tex.zip.pk3, а потом поместить в папочку Auto (share/deng/Data/jDoom/Auto). Только тогда они будут подцепляться на старте. Просто кидать *.png в папку Textures как в маздае не получится.