MySQL

Эксперементировать надо с кешем запросов. Зависит от назначения тачки. Если куча разных запросов, то выгоды никакой, как не увеличивай его размер.

Нет запрос чаще всего один но большой. А какой кеш увеличить как называется?

индексы везде где можно подними

Кеш запросов, так и называется. query_cache_size в конфиге. А проиндексировать действительно надо, по тем полям, где выборка идет.

Индексы есть это в первую очередь, но толку от них когда выбирается вся табилца