python3 import

А оно разве не будет работать в py3 в таком виде?

Говорит «My module was not found»

Подозреваю вот эту проблему:

http://docs.python.org/3.3/howto/pyporting.html#from-future-import-absolute-i...

Ещё вот это почитай: https://wiki.python.org/moin/PortingPythonToPy3k

Просто у меня в примитивном тестовом варианте всё ок:

$ cat test.py 
try:
    import scripts.my_module
except ImportError:
    print("My module was not found")
else:
    print("Found my module")

$ find .
.
./test.py
./scripts
./scripts/my_module
./scripts/my_module/__init__.py
./scripts/__init__.py

$ /usr/bin/python3.3 test.py 
Found my module

Да, уже нашёл, оно, спасибо.
My_module содержал в себе import another_module. Исправил на from . import another_module и заработало.