Java-библиотека для генерации PDF

Apache Pdfbox.

Если именно PDF и только его, то может быть iText. Есть старая копилефтная версия и новая платная. Очень близко познакомитесь с форматом PDF, библиотека достаточно низкоуровневая. Кроме того, есть такие штуки, как JasperReports и BIRT. Отчет клепается визуально, можно генерировать шаблон, который представляет собой xml. Потом шаблон и данные отправляются в один из названных движков, на выходе получается PDF, xls, rtf и т.п. Есть и другие подобные движки, но эти самые популярные и бесплатные. И да, они написаны на java и их можно использовать из любого языка на jvm.

jasperreports. Немного избыточно, но эффективно.

http://xmlgraphics.apache.org/fop/

xhtml->flying saucer + itext->pdf